Eusébio sinh ra tại Lourenço Marques (nay là Maputo), Mozambique. Ông chuyển đến Bồ Đào Nha khi còn là thiếu niên, và năm 1961, Eusébio gia nhập câu lạc bộ Benfica khi mới 19 tuổi từ câu lạc bộ ở địa phương, câu lạc bộ thể thao Lourenço Marques, với giá chuyển nhượng là 7500 bảng Anh.

Năm 1962, ông đoạt Cúp châu Âu với Benfica, ghi 2 bàn thắng trong trận chung kết gặp Real Madrid CF. Benfica thắng 5-3. Benfica cũng giành ngôi á quân Cúp C1 châu Âu các năm 1963, 1965 và 1968.

Ông giành được danh hiệu Quả bóng vàng châu Âu năm 1965 và là cầu thủ đầu tiên đoạt được danh hiệu Chiếc giày vàng châu Âu vào năm 1968, danh hiệu cho cầu thủ ghi nhiều bàn thắng nhất châu Âu trong một mùa bóng. Thành tích này được ông tái lập năm năm sau (1973). Là vua phá lưới Giải vô địch bóng đá quốc gia Bồ Đào Nha 7 lần trong khoảng thời gian từ 1964 đến 1973, ông đã giúp Benfica giành được 11 danh hiệu vô địch quốc gia (1961, 1963-65, 1967-69, 1971-73, 1975) và 5 Cúp quốc gia (1962, 1964, 1969, 1970, 1972). Ông ghi được 727 bàn thắng trong 715 trận đấu trong màu áo Benfica,[2] bao gồm 317 bàn thắng trong 301 trận đấu ở giải vô địch Bồ Đào Nha.[1]

Vào các mùa bóng 1976 – 1977 và 1977 – 1978, do tuổi tác đã cao, Eusébio chơi cho hai câu lạc bộ Bồ Đào Nha ít tiếng tăm là SC Beira-Mar ở giải hạng Nhất và União de Tomar ở giải hạng Hai.

Ông cũng chơi tại giải vô địch bóng đá Bắc Mỹ (NASL), cho 3 đội bóng khác nhau, từ 1975 tới 1977: Boston Minutemen (1975), Toronto Metros-Croatia (1976) và Las Vegas Quicksilver (1977). Mùa bóng thành công nhất của ông ở đây là vào năm 1976 với Toronto Metros. Ông ghi bàn trong chiến thắng 3 – 0 trước 76 Soccer Bowl để giành chức vô địch NASL. Cùng năm đó, ông chơi 10 trận cho câu lạc bộ CF Monterrey trong giải vô địch Mexico.

Mùa bóng tiếp theo (1977) ông ký hợp đồng với Las Vegas Quicksilvers. Đây là khoảng thời gian đáng thất vọng trong sự nghiệp huy hoàng của ông. Chấn thương buộc ông phải thường xuyên điều trị trong khi chơi bóng cho Quicksilvers. Trong suốt mùa bóng ông chỉ ghi được vỏn vẹn 2 bàn, một kết quả nghèo nàn đối với một tiền đạo đẳng cấp như ông.

Mặc dù chấn thương đầu gối làm ông không thể tiếp tục chơi ở NASL, Eusébio vẫn muốn tiếp tục thi đấu. Ông chuyển sang câu lạc bộ New Jersey Americans ở giải hạng Hai của giải vô địch bóng đá Mỹ (ALS) năm 1978. Ông giải nghệ vào cuối mùa bóng đó.